La Asamblea General de la Fundación Hanns Seidel consiste de máximo 40 miembros. Estos eligen internamente la junta directiva.

Al departamento “Funciones Centrales” pertenecen los departamentos de  Comunicación y Relaciones Públicas, Recursos Humanos Nacional e Internacional, Finanzas y Recaudación de Fondos. Además existen los centros de formación en Wildbad Kreuth y en el monasterio Kloster Banz y el centro de conferencias en Múnich, así como la oficina de Berlín y la oficina para asuntos de la Junta Directiva, Relaciones Exteriores y  de la red internacional.

Dentro de la fundación existen además cuatro institutos:

• la Academia de Política e Historia Contemporánea
• el Instituto de Formación Política
• el Insituto de Programa de Becas
• el Instituto de Cooperación Internacional

A nivel mundial la Fundación Hanns Seidel tiene representaciones en 70 países y se dedica a más de 90 proyectos. Oficinas de la red internacional se encuentran en Washington, Bruselas y Moscú.