Nach dem krankheitsbedingten Rücktritt von Ministerpräsident Hanns Seidel im Januar 1960 übernahm Hans Ehard – Ministerpräsident von 1946 bis 1954 – noch einmal für zwei Jahre das Amt. Für die Landtagswahl 1962 gab es zunächst mehrere Kandidaten. Favorisiert wurde Franz Josef Strauß, der sich jedoch für einen Verbleib in der Bundespolitik entschied. Zwei weitere Bewerber, Alois Hundhammer und Rudolf Eberhard verkörperten zu dezidiert ihre jeweiligen Flügel um mehrheitsfähig zu sein, so dass der CSU-Landesvorstand am 17. September 1962 den bisherigen Innenminister Alfons Goppel als "Mann des Ausgleichs" nominierte.

Das Ergebnis – die CSU erreichte bei der Landtagswahl 47,5 % der Stimmen und mit 108 von 204 Mandaten die absolute Mehrheit der Sitze – überraschte die Öffentlichkeit, denn allgemein war erwartet worden, dass sich die Bonner „Spiegel“-Affäre in Bayern für die CSU negativ auswirken würde.

Trotz Erreichen der absoluten Mehrheit entschied sich die CSU bei der Regierungsbildung am 11. Dezember 1962 für eine Mini-Koalition mit der Bayernpartei, die Robert Wehgartner als Innenstaatssekretär ins Kabinett entsandte. Als dieser im Juli 1966 zur CSU übertrat, bedeutete dies das faktische Ende der Koalition. Bei den folgenden Landtagswahlen erreichte die CSU erneut die Mehrheit der Sitze, seit 1970 auch die absolute Mehrheit der Stimmen. Mit seiner Wahl zum Bayerischen Ministerpräsidenten 1962 begann die 16 Jahre währende "Ära Goppel", die mit seiner Ablösung durch Franz Josef Strauß endete.