Ministerpräsident Alfons Goppel kündete in seiner Regierungserklärung vom 25. Januar 1967 die Durchführung einer Gebietsreform an und berief eine Arbeitsgruppe Kommunalverwaltungsreform unter Leitung von Innenminister Bruno Merk. Ziel war es, leistungsfähigere Gemeinden und Landkreise zu schaffen, was durch größere Verwaltungseinheiten erreicht werden sollte, die nach Ansicht der Bayerischen Staatsregierung effizienter arbeiten würden. In einem ersten Schritt trat am 1. Juli 1972 der Beschluss in Kraft, die bestehenden 143 Landkreise auf 71 zu reduzieren und 23 von 48 kreisfreien Städten die Kreisfreiheit zu nehmen. Für die CSU bedeutete dies einen Rückgang der Zahl der Kreisverbände von 197 auf 111. Die Gemeindegebietsreform von 1972 bis 1978, die zuerst auf freiwilliger Basis durchgeführt und letztendlich mit Zwangseingemeindungen abgeschlossen wurde, verringerte die Zahl der bayerischen Gemeinden von 6962 (1970) auf etwas mehr als 2000. Die CSU erhielt in den meisten ehemaligen Gemeinden ihre Ortsverbände, zwischen 1970 und 1978 sank ihre Zahl vergleichsweise leicht von ca. 3200 auf etwa 2800.

Die Gebietsreform wurde oftmals mit wenig Rücksicht auf historische Zusammenhänge umgesetzt. Während die Proteste der ehemaligen Landkreise und kreisfreien Städte erfolglos blieben, konnten etwa 300 Gemeinden ihre Selbständigkeit zurückerlangen. In den Reihen der CSU äußerten vor allem Mandatsträger Bedenken, die aus kleineren Landkreisen stammten. Auch Franz Josef Strauß beklagte, dass „... die Vernichtung vieler tausend Mandate auf kommunaler Ebene ein schwerer Schlag gegen die CSU war. ...“(Franz Josef Strauß, Die Erinnerungen, S. 540).