Am 18. März 1961 wählten die Delegierten auf einem außerordentlichen Parteitag der CSU in München Franz Josef Strauß als Nachfolger von Hanns Seidel zum neuen Parteivorsitzenden. Bereits sechs Jahre vorher hatte er sich vergeblich um den Parteivorsitz bemüht, war jedoch in einer Kampfabstimmung dem "Sprecher der Opposition" im Bayerischen Landtag, Hanns Seidel, mit 329 zu 380 Stimmen unterlegen. In den folgenden Jahren gelang es durch die umsichtige Führung Seidels, den Ausbruch neuer Flügelkämpfe zu verhindern, den Neuaufbau der Parteiorganisation einzuleiten, den Umbau von der Honoratiorenpartei zur modernen Volkspartei voranzutreiben und schließlich bei den Bundestagswahlen 1957 mit 10,5 % das bis dahin beste Ergebnis der CSU im Bund zu erreichen. Seidels schwere Erkrankung und sein anhaltend schlechter Gesundheitszustand machten es jedoch notwendig, noch vor dem im September 1961 stattfindenden Bundestagswahlen die Nachfolgefrage im Parteivorsitz zu regeln. Zu den  in der Öffentlichkeit gehandelten Nachfolgekandidaten, Rudolf Eberhard, Franz Heubl und Fritz Schäffer, zählte auch Franz Josef Strauß, den Seidel nun selbst vorschlug und der als Mitglied des Bundeskabinetts seit 1953 eine Reihe von Erfolgen vorweisen konnte.

Nach 1961 wurde Franz Josef Strauß insgesamt 14 Mal im Parteivorsitz bestätigt; bis auf die Jahre 1963 und 1983, jeweils mit Ergebnissen über 90 %. Seine 27-jährige Amtszeit als Parteivorsitzender verband ganz im Sinne seiner Vorgänger die Wahrung bayerischer Regionalinteressen mit bundespolitischer Präsenz. Ferner gelang die Umformung der CSU zu einer modernen bayerischen Volkspartei, deren öffentliches Erscheinungsbild bald untrennbar mit Franz Josef Strauß verbunden war. 

Auf diesem Hintergrund bot der unerwartete Tod von Franz Josef Strauß am 3. Oktober 1988 Anlass, öffentlich über innerparteiliche Auseinandersetzungen um die Nachfolge im Parteivorsitz und eine damit verbundene Krise der CSU in Bayern und im Bund zu spekulieren. Die Regelung der Nachfolge in den Ämtern des CSU-Vorsitzenden und des Bayerischen Ministerpräsidenten erfolgte jedoch weitgehend ohne Probleme. Auf einem Parteitag am 19. November 1988 in München wählten die Delegierten den Vorsitzenden der CSU-Landesgruppe in Bonn, Theo Waigel, zum Parteivorsitzenden, nachdem bereits einen Monat zuvor, am 19. Oktober, der stellvertretende Ministerpräsident, Max Streibl, die Nachfolge als Bayerischer Ministerpräsident angetreten hatte.

„Der stürmische Bewerber“ - Strauß wird an die Spitze der CSU gewählt
Dankschreiben anlässlich des 25-jährigen Parteivorsitzes 1986 (625 KB)

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