Die Zentrale der Hanns-Seidel-Stiftung ist in der bayerischen Landeshauptstadt München. Die Stiftung verfügt zudem über die beiden Bildungszentren Kloster Banz und Wildbad Kreuth und das Konferenzzentrum München, ein Büro in Berlin sowie über Verbindungsstellen in Brüssel, Washington und Moskau.

Die Hanns-Seidel-Stiftung ist zudem in vielen Städten Afrikas, Asiens, Südamerikas und Osteuropas mit Projektbüros der Entwicklungszusammenarbeit vertreten.